MBG 616E — Computer Based Methods in Protein Structure and Dynamics Not Dağılımı

Kredi

3

AKTS

7,5

Saat (T+U+L)

3+0+0

Önkoşul

Yok

Moleküler mekanik kuvvet alanları kullanılarak enerji minimizasyonu ve moleküler dinamik simülasyonları yapılması; bu hesaplamalarla proteinlerin konformasyonel hareketlerinin gözlemlenmesi; sıcaklık, basınç, çözücü gibi etkenlerin hesaba katılması; simülasyonlarda hesaplanan protein hareketlerinin temel bileşenler, korelasyon katsayısı, b-factor gibi değerlerin hesaplanması yoluyla analizi; yönlendirilmiş simülasyonlar, replica exchange, termodinamik integrasyon gibi özel simülasyon yöntemleri; konformasyon tarama teknikleri; Amber programı kullanılarak pratik uygulamalar